Założony został w 1811 roku, w sąsiedztwie świątyń na Ostrowie Tumskim. Lata 1852-1883, pod kierownictwem Johanna Heinricha Göpperta, ogród rozwijał się, z początkowych 5 ha, urósł o dodatkowe działy: dendrologiczny, paleontologiczny, grupy fizjonomiczne i geograficzne. Podczas II wojny światowej Ogród Botaniczny stanowił ważny punkt strategiczny. Na jego terenie rozstawione były baterie artylerii przeciwlotniczej, a tereny zielone wykorzystywano do odbioru zrzutów zaopatrzeniowych. W okresie 1945-1948 trwały prace polegające na uporządkowaniu terenu ogrodu nadzorowane przez profesora Stanisława Kulczyńskiego. Park ponownie otwarto dla gości w 1950 roku. W 1958 wrocławscy saperzy oczyścili miejscowy staw i zbudowali nad nim ozdobny, drewniany mostek. W 1960 roku ogród powiększa się o kolejny hektar, w 1967 roku wykopano specjalny basen dla grzybieni zaprojektowany przez Tadeusza Zipsera. W 1974 roku został wpisany do rejestru zabytków.